Enterococcus pertencem à flora intestinal natural de humanos e animais mas são também organismos patogénicos bastante relevantes e são responsáveis por diversas infecções. O género Enterococcus inclui mais de 17 espécies, embora apenas algumas sejam agentes causadores de infecções clínicas em humanos. Com o aumento da resistência a antibióticos, os enterococos são reconhecidos patogénicos nosocomiais, que podem ser de difícil tratamento.
Enterococcus faecalis e Enterococcus faecium são as espécies cultiváveis mais prevalentes em humanos, representando mais de 90 % dos isolados clínicos.
Os enterococos têm sido utilizados com algum sucesso como indicadores de contaminação fecal recente e são especialmente fiáveis como indicadores de risco de saúde em ambientes marinhos e águas recreacionais. No entanto, é de salientar, que existem reservatórios ambientais destes microrganismos e que uma vez introduzidos no ambiente são capazes de se replicar.
O LAIST efectua a pesquisa deste parâmetro microbiológico através de diferentes metodologias consoante a matriz a analisar:

- Águas Limpas - ISO 7899-2:2000;

- Águas Balneares - ISO 7899-2:2000, método de Número Mais Provável (Enterolert) e pelo método miniaturizado ISO 7899-1:1998 (microplacas);

- Águas Naturais e Residuais - ISO 7899-2:2000, método do Número Mais Provável (Enterolert) e pelo método miniaturizado ISO 7899-1:1998 (microplacas.